Istorija
Vilkaviškyje katalikiškosios „Žiburio“ draugijos gimnazija pradėjo veikti 1918 m. lapkričio 15 d. Iš pradžių buvo organizuotos dvi klasės. Gimnazijai vadovauti paskirtas matematikas S.Vaitkevičius.
1923-1924 m.m. gimnazija buvo iki galo sukomplektuota. Iš klasikinės (su lotynų kalbos dėstymu) vystėsi į realinę – su sustiprintu matematikos ir gamtos dėstymu. 1924 m. ją baigė pirmoji 13 abiturientų laida. Iš viso 1923-1924 m.m. mokėsi 420 mokinių. Prie gimnazijos veikė suaugusiųjų bendrojo lavinimo kursai, kuriuos lankė 45 žmonės.
1927 m. gimnazijai ėmė vadovauti matematikas A.Juška. Buvo sudaryti šie valdymo, mokymo ir auklėjimo organai: Pedagogų tarybos prezidiumas, klasių auklėtojų kolegija, Meno komisija, Sveikatos komisija.
1930 m. sausio 10 d. gimnazija buvo suvalstybinta ir suteiktas dr. J.Basanavičiaus vardas. Direktoriumi tapo M.Krikščiūnas.
Nuo 1940 m. spalio 1d. dokumentuose Vilkaviškio gimnazija vadinama Vilkaviškio vidurine mokykla. 1941 m. birželio mėn., prasidėjus karui, gimnazijos direktoriumi paskirtas istorijos mokytojas J.Vosylius. 1945 m. pavasarį Sodų gatvėje, dabartinės bibliotekos pastate, pradėjo veikti gimnazija. O 1946 m. pavasarį dalis klasių buvo perkeltos į patalpas, esančias J.Basanavičiaus gatvėje (dabar- „Ąžuolo“ progimnazija).
1954 m. lapkričio mėn. mokyklai buvo suteiktas poetės Salomėjos Nėries vardas.
1957 m. Vilkaviškio Salomėjos Nėries vidurinėje mokykloje įvyko trijų respublikos mokyklų – Kauno, Vilniaus, Vilkaviškio – pavadintų poetės vardu, draugystės vakaras. Vėliau šie vakarai – susitikimai tapo tradiciniai, tik dar prisijungė Panevėžio V.Žemkalnio ir Lazdijų M.Gustaičio vidurinės mokyklos.
1969 m. gruodžio mėn. Vilkaviškyje, Vienybės gatvėje (dabar – Nepriklausomybės g. 58), pastatytas naujas pastatas, į kurį persikėlė Salomėjos Nėries vidurinė mokykla. Mokyklai iki 1991 m. vadovauja J.Čekanavičius.
1991-1992 m.m. mokyklos direktorius A.Žilinskas.
1992-1993 m.m. mokyklos direktorius A.Bernota.
1993-2000 m. m. mokyklai vadovauja B.Urbutienė.
2000-2003 m.m. mokyklos direktorius S.Ferencas.
Nuo 2003 m. mokyklai vadovauja Daina Juškauskienė.
Nuo 2009 m. rugsėjo mėn. 1 d. Salomėjos Nėries vidurinė mokykla reorganizuota į Salomėjos Nėries pagrindinę mokyklą.